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      顯微成像·洞察微觀之美

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      不止ImageJ:怎么快速實(shí)現(xiàn)徑向熒光強(qiáng)度分析?

      發(fā)布時(shí)間:2024-08-05

      訪問量:2629

      熒光強(qiáng)度分析是論文常用技能之一,它可以量化熒光強(qiáng)度,從而進(jìn)行對比分析或統(tǒng)計(jì)分析,得出可信的結(jié)果。今天我們就來介紹下如何用明美顯微數(shù)碼測量分析系統(tǒng)和ImageJ快速實(shí)現(xiàn)徑向熒光強(qiáng)度分析。



      近期聚苯乙烯納米顆粒論文中使用的熒光強(qiáng)度分析①


      一、能量曲線工具


      能量曲線工具在右下角

      能量曲線是明美顯微數(shù)碼測量分析系統(tǒng)的工具之一,它可以直觀呈現(xiàn)徑向直線上熒光強(qiáng)度變化,具有方便易用,結(jié)果直觀的優(yōu)點(diǎn)。



      能量曲線使用效果

      能量曲線使用非常簡單,選中工具后可以在成像窗口或圖片上畫線,然后系統(tǒng)就會在線上生成一個(gè)曲線圖,紅藍(lán)綠三色熒光分別呈現(xiàn)為紅藍(lán)綠三色曲線。曲線圖以用戶畫的線為X軸,以光強(qiáng)為Y軸,Y軸有100%和50%兩條線,可快速估算熒光強(qiáng)度。


      紅色熒光上使用效果

      能量曲線在單色熒光中,可用于快速判斷熒光強(qiáng)度,從而進(jìn)行對比獲得科研靈感,或用于曝光控制,避免ROI的目標(biāo)過度曝光導(dǎo)致重要的細(xì)節(jié)信息丟失。而在多色熒光中,能量曲線還可以用于快速判斷熒光共定位情況。


      二、ImageJ/FIJI量化分析


      FIJI直線工具

      能量曲線方便易用,直觀快速但不夠量化,要更量化地進(jìn)行徑向熒光強(qiáng)度分析,需要用到ImageJ或者說FIJI(JIFI是更新版的ImageJ).首先打開熒光圖片,使用直線工具畫線,注意畫線對比時(shí)長度數(shù)據(jù)要一致。



      轉(zhuǎn)換為8bit圖像

      我們這個(gè)熒光圖是單色熒光,因此我們這里先將其轉(zhuǎn)化成8bit格式,減少其他通道信號可能帶來的問題,在菜單選項(xiàng)選擇Image-Type-8bit.



      打開Plot Profile

      下一步打開Plot Profile,可以從菜單Analyze-Plot Profile打開,也可以直接按鍵盤的K鍵打開,打開后會呈現(xiàn)直線光強(qiáng)的曲線圖。



      保存數(shù)據(jù)

      點(diǎn)擊曲線圖窗口的Data-Save Data,可以將數(shù)據(jù)導(dǎo)出成CSV格式,然后就可以用Excel或者Origin之類工具打開進(jìn)行后續(xù)的數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)分析或者曲線圖繪制了。



      復(fù)制全部數(shù)據(jù)

      除了Data-Save Data導(dǎo)出成文件以外,還能使用Data-Copy All Data將數(shù)據(jù)復(fù)制到剪切板,然后直接在已經(jīng)打開的Excel中進(jìn)行粘貼,減少保存多個(gè)數(shù)據(jù)文件的麻煩。


      Excel中曲線圖繪制

      一個(gè)小提醒,如果想在Excel里做出像上面論文的圖片,可能還需要經(jīng)過數(shù)據(jù)處理,前列是像素,需要根據(jù)軟件標(biāo)尺換算成尺寸,通常是μm;后列是熒光強(qiáng)度,因?yàn)閿?shù)據(jù)是8bit的,因此數(shù)值是0-255,按255為100%做個(gè)換算來畫Y軸。


      今天的文章分享就到這里,希望對大家的日常工作有幫助,如您有想了解的使用技巧,也歡迎向我們提出。


      引用文獻(xiàn):

      ①Sun, H., Yang, B., Li, Q. et al. Polystyrene nanoparticles trigger aberrant condensation of TDP-43 and amyotrophic lateral sclerosis-like symptoms. Nat. Nanotechnol. (2024). https://doi.org/10.1038/s41565-024-01683-5


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